instrument-data-to-allotrope

SKILL.md

Convert instrument files into standardized Allotrope Simple Model (ASM) format for LIMS upload, data lakes, or handoff to data engineering teams.

Note: This is an Example Skill This skill demonstrates how skills can support your data engineering tasks—automating schema transformations, parsing instrument outputs, and generating production-ready code.

To customize for your organization: Modify the references/ files to include your company's specific schemas or ontology mappings Use an MCP server to connect to systems that define your schemas (e.g., your LIMS, data catalog, or schema registry) Extend the scripts/ to handle proprietary instrument formats or internal data standards

실험실 장비 출력 파일(PDF, CSV, Excel, TXT)을 ASM(동소체 단순 모델) JSON 형식 또는 평면화된 2D CSV로 변환합니다. 과학자가 LIMS 시스템, 데이터 레이크 또는 다운스트림 분석을 위해 기기 데이터를 표준화해야 할 때 이 기술을 사용하십시오. 기기 유형의 자동 감지를 지원합니다. 출력에는 전체 ASM JSON, 쉽게 가져올 수 있는 평면화된 CSV, 데이터 엔지니어를 위한 내보낼 수 있는 Python 코드가 포함됩니다. 일반적인 트리거에는 기기 파일 변환, 실험실 데이터 표준화, LIMS/ELN 시스템에 업로드할 데이터 준비 또는 생산 파이프라인을 위한 파서 코드 생성이 포함됩니다. 출처: anthropics/life-sciences.

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