instrument-data-to-allotrope

SKILL.md

Convert instrument files into standardized Allotrope Simple Model (ASM) format for LIMS upload, data lakes, or handoff to data engineering teams.

Note: This is an Example Skill This skill demonstrates how skills can support your data engineering tasks—automating schema transformations, parsing instrument outputs, and generating production-ready code.

To customize for your organization: Modify the references/ files to include your company's specific schemas or ontology mappings Use an MCP server to connect to systems that define your schemas (e.g., your LIMS, data catalog, or schema registry) Extend the scripts/ to handle proprietary instrument formats or internal data standards

実験室機器の出力ファイル (PDF、CSV、Excel、TXT) を同素体単純モデル (ASM) JSON 形式またはフラット化された 2D CSV に変換します。科学者が LIMS システム、データ レイク、またはダウンストリーム分析用に機器データを標準化する必要がある場合に、このスキルを使用します。機器タイプの自動検出をサポートします。出力には、完全な ASM JSON、簡単にインポートできるフラット化された CSV、データ エンジニア向けのエクスポート可能な Python コードが含まれます。一般的なトリガーには、機器ファイルの変換、ラボ データの標準化、LIMS/ELN システムにアップロードするためのデータの準備、または実稼働パイプライン用のパーサー コードの生成が含まれます。 ソース: anthropics/life-sciences。

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