instrument-data-to-allotrope

SKILL.md

Convert instrument files into standardized Allotrope Simple Model (ASM) format for LIMS upload, data lakes, or handoff to data engineering teams.

Note: This is an Example Skill This skill demonstrates how skills can support your data engineering tasks—automating schema transformations, parsing instrument outputs, and generating production-ready code.

To customize for your organization: Modify the references/ files to include your company's specific schemas or ontology mappings Use an MCP server to connect to systems that define your schemas (e.g., your LIMS, data catalog, or schema registry) Extend the scripts/ to handle proprietary instrument formats or internal data standards

Convierta archivos de salida de instrumentos de laboratorio (PDF, CSV, Excel, TXT) al formato JSON de modelo alótropo simple (ASM) o CSV 2D aplanado. Utilice esta habilidad cuando los científicos necesiten estandarizar datos de instrumentos para sistemas LIMS, lagos de datos o análisis posteriores. Admite la detección automática de tipos de instrumentos. Los resultados incluyen ASM JSON completo, CSV aplanado para una fácil importación y código Python exportable para ingenieros de datos. Los desencadenantes comunes incluyen la conversión de archivos de instrumentos, la estandarización de datos de laboratorio, la preparación de datos para cargarlos en sistemas LIMS/ELN o la generación de código de analizador para canales de producción. Fuente: anthropics/life-sciences.

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