nextflow-development

SKILL.md

Run nf-core bioinformatics pipelines on local or public sequencing data.

Target users: Bench scientists and researchers without specialized bioinformatics training who need to run large-scale omics analyses—differential expression, variant calling, or chromatin accessibility analysis.

For public datasets, fetch from GEO/SRA first. See references/geo-sra-acquisition.md for the full workflow.

Ejecute canales bioinformáticos nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) en datos de secuenciación. Utilícelo al analizar datos de RNA-seq, WGS/WES o ATAC-seq, ya sea FASTQ locales o conjuntos de datos públicos de GEO/SRA. Activadores en nf-core, Nextflow, análisis FASTQ, llamada de variantes, expresión genética, expresión diferencial, reanálisis GEO, accesos GSE/GSM/SRR o creación de hojas de muestra. Fuente: anthropics/life-sciences.

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