tooluniverse-metabolomics-analysis

Comprehensive analysis of metabolomics data from metabolite identification through quantification, statistical analysis, pathway interpretation, and integration with other omics layers.

| Data Import | LC-MS, GC-MS, NMR, targeted/untargeted platforms | | Metabolite Identification | Match to HMDB, KEGG, PubChem, spectral libraries | | Quality Control | Peak quality, blank subtraction, internal standard normalization | | Normalization | Probabilistic quotient, total ion current, internal standards |

| Statistical Analysis | Univariate and multivariate (PCA, PLS-DA, OPLS-DA) | | Differential Analysis | Identify significant metabolite changes | | Pathway Enrichment | KEGG, Reactome, BioCyc metabolic pathway analysis | | Metabolite-Enzyme Integration | Correlate with expression data | | Flux Analysis | Metabolic flux balance analysis (FBA) |

Analizza i dati metabolomici tra cui l'identificazione dei metaboliti, la quantificazione, l'analisi del percorso e il flusso metabolico. Elabora dati LC-MS, GC-MS, NMR da esperimenti mirati e non mirati. Esegue la normalizzazione, l'analisi statistica, l'arricchimento del percorso, l'integrazione metabolita-enzima e la scoperta di biomarcatori. Da utilizzare durante l'analisi di set di dati metabolomici, l'identificazione di metaboliti differenziali, lo studio delle vie metaboliche, l'integrazione con trascrittomica/proteomica, la scoperta di biomarcatori metabolici, l'esecuzione di analisi del bilancio del flusso o la caratterizzazione di fenotipi metabolici in malattie, risposte ai farmaci o condizioni fisiologiche. Fonte: mims-harvard/tooluniverse.