pdb

Note: This skill uses the RCSB PDB web API directly. No Modal deployment needed - all operations run locally via HTTP requests.

Structure not found: Check PDB ID format (4 characters) Multiple models: Select first model for design Missing residues: Check for gaps in structure

Next: Use structure with boltzgen (recommended) or rfdiffusion for design.

Recupera e analizza le strutture proteiche dal PDB RCSB. Utilizzare questa competenza quando: (1) è necessario scaricare una struttura in base all'ID PDB, (2) cercare strutture simili, (3) preparare la destinazione per la progettazione del raccoglitore, (4) estrarre catene o domini specifici, (5) ottenere metadati della struttura. Per la ricerca di sequenze, utilizzare uniprot. Per il flusso di lavoro di progettazione del raccoglitore, utilizzare binder-design. Fonte: adaptyvbio/protein-design-skills.