alphafold

| Python | 3.8+ | 3.10 | | CUDA | 11.0+ | 12.0+ | | GPU VRAM | 32GB | 40GB (A100) | | RAM | 32GB | 64GB | | Disk | 100GB | 500GB (for databases) |

First time? See Installation Guide to set up Modal and biomodals.

| --modelpreset | monomer | monomer/multimer | Model type | | --numrecycle | 3 | 1-20 | Recycling iterations | | --maxtemplatedate | - | YYYY-MM-DD | Template cutoff | | --usetemplates | True | True/False | Use template search |

Convalida la progettazione delle proteine ​​utilizzando la previsione della struttura AlphaFold2. Utilizzare questa abilità quando: (1) convalidare le sequenze progettate piegate correttamente, (2) prevedere strutture complesse legante-bersaglio, (3) calcolare metriche di confidenza (pLDDT, pTM, ipTM), (4) convalida dell'autocoerenza dei progetti, (5) previsione complessa multi-catena con AlphaFold-Multimer. Per una previsione a catena singola più rapida, utilizzare esm. Per le soglie QC, utilizzare proteina-qc. Fonte: adaptyvbio/protein-design-skills.