single-cell-rna-qc

Automated QC workflow for single-cell RNA-seq data following scverse best practices.

Default recommendation: Use Approach 1 (complete pipeline) unless the user has specific custom requirements or explicitly requests non-standard filtering logic.

For standard QC following scverse best practices, use the convenience script scripts/qcanalysis.py:

Effectue un contrôle qualité sur les données de séquence d'ARN unicellulaire (fichiers .h5ad ou .h5) en utilisant les meilleures pratiques scverse avec un filtrage basé sur MAD et des visualisations complètes. À utiliser lorsque les utilisateurs demandent une analyse CQ, filtrent des cellules de faible qualité, évaluent la qualité des données ou suivent les meilleures pratiques scverse/scanpy pour l'analyse de cellules uniques. Source : anthropics/knowledge-work-plugins.