nextflow-development

Run nf-core bioinformatics pipelines on local or public sequencing data.

Target users: Bench scientists and researchers without specialized bioinformatics training who need to run large-scale omics analyses—differential expression, variant calling, or chromatin accessibility analysis.

For public datasets, fetch from GEO/SRA first. See references/geo-sra-acquisition.md for the full workflow.

Exécutez des pipelines bioinformatiques nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) sur les données de séquençage. À utiliser lors de l'analyse de données RNA-seq, WGS/WES ou ATAC-seq, qu'il s'agisse de FASTQ locaux ou d'ensembles de données publics de GEO/SRA. Déclencheurs sur nf-core, Nextflow, analyse FASTQ, appel de variantes, expression génique, expression différentielle, réanalyse GEO, accessions GSE/GSM/SRR ou création de feuilles d'échantillons. Source : anthropics/knowledge-work-plugins.