Libreria bioinformatica Python per manipolazione di sequenze, allineamenti, filogenetica, metriche di diversità (Shannon, UniFrac), ordinazione (PCoA, CCA), test statistici (PERMANOVA, Mantel) e I/O di formati di file biologici.
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Fonte: aminoanalytica/amina-skills.
A Python library for biological data analysis spanning sequence handling, phylogenetics, microbial ecology, and multivariate statistics.
| Sequence work | DNA/RNA/protein manipulation, motif finding, translation | | File handling | FASTA, FASTQ, GenBank, Newick, BIOM I/O | | Alignments | Pairwise or multiple sequence alignment | | Phylogenetics | Tree construction, manipulation, distance calculations |
| Diversity metrics | Alpha diversity (Shannon, Faith's PD), beta diversity (Bray-Curtis, UniFrac) | | Ordination | PCoA, CCA, RDA for dimensionality reduction | | Statistical tests | PERMANOVA, ANOSIM, Mantel tests | | Microbiome analysis | Feature tables, rarefaction, community comparisons |
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Campi e comandi stabili per citazioni AI/ricerca.
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