pathml

SKILL.md

PathML is a comprehensive Python toolkit for computational pathology workflows, designed to facilitate machine learning and image analysis for whole-slide pathology images. The framework provides modular, composable tools for loading diverse slide formats, preprocessing images, constructing spatial graphs, training deep learning models, and analyzing multiparametric imaging data from technologies like CODEX and mu...

PathML provides six major capability areas documented in detail within reference files:

Load whole-slide images from 160+ proprietary formats including Aperio SVS, Hamamatsu NDPI, Leica SCN, Zeiss ZVI, DICOM, and OME-TIFF. PathML automatically handles vendor-specific formats and provides unified interfaces for accessing image pyramids, metadata, and regions of interest.

Boîte à outils de pathologie informatique pour analyser des images de diapositives entières (WSI) et des données d'imagerie multiparamétrique. Utilisez cette compétence lorsque vous travaillez avec des lames d'histopathologie, des images colorées H&E, l'immunofluorescence multiplex (CODEX, Vectra), la protéomique spatiale, la détection/segmentation de noyau, la construction de graphiques tissulaires ou la formation de modèles ML sur des données pathologiques. Prend en charge plus de 160 formats de diapositives, notamment Aperio SVS, NDPI, DICOM, OME-TIFF pour les flux de travail de pathologie numérique. Source : ovachiever/droid-tings.

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