pathml

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PathML is a comprehensive Python toolkit for computational pathology workflows, designed to facilitate machine learning and image analysis for whole-slide pathology images. The framework provides modular, composable tools for loading diverse slide formats, preprocessing images, constructing spatial graphs, training deep learning models, and analyzing multiparametric imaging data from technologies like CODEX and mu...

PathML provides six major capability areas documented in detail within reference files:

Load whole-slide images from 160+ proprietary formats including Aperio SVS, Hamamatsu NDPI, Leica SCN, Zeiss ZVI, DICOM, and OME-TIFF. PathML automatically handles vendor-specific formats and provides unified interfaces for accessing image pyramids, metadata, and regions of interest.

Computational Pathology Toolkit zur Analyse von Whole-Slide Images (WSI) und multiparametrischen Bilddaten. Verwenden Sie diese Fähigkeit, wenn Sie mit histopathologischen Objektträgern, H&E-gefärbten Bildern, Multiplex-Immunfluoreszenz (CODEX, Vectra), räumlicher Proteomik, Kernerkennung/-segmentierung, Gewebegraphkonstruktion oder dem Training von ML-Modellen anhand von Pathologiedaten arbeiten. Unterstützt über 160 Objektträgerformate, einschließlich Aperio SVS, NDPI, DICOM und OME-TIFF für digitale Pathologie-Workflows. Quelle: ovachiever/droid-tings.

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