single-cell-rna-qc

SKILL.md

Automated QC workflow for single-cell RNA-seq data following scverse best practices.

Default recommendation: Use Approach 1 (complete pipeline) unless the user has specific custom requirements or explicitly requests non-standard filtering logic.

For standard QC following scverse best practices, use the convenience script scripts/qcanalysis.py:

Führt eine Qualitätskontrolle an Einzelzell-RNA-seq-Daten (.h5ad- oder .h5-Dateien) unter Verwendung von Scverse-Best Practices mit MAD-basierter Filterung und umfassenden Visualisierungen durch. Verwenden Sie es, wenn Benutzer eine QC-Analyse anfordern, Zellen mit geringer Qualität filtern, die Datenqualität bewerten oder die Best Practices von Scverse/Scanpy für die Einzelzellanalyse befolgen. Quelle: anthropics/life-sciences.

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