tooluniverse-image-analysis

Production-ready skill for analyzing microscopy-derived measurement data using pandas, numpy, scipy, statsmodels, and scikit-image. Designed for BixBench imaging questions covering colony morphometry, cell counting, fluorescence quantification, regression modeling, and statistical comparisons.

IMPORTANT: This skill handles complex multi-workflow analysis. Most implementation details have been moved to references/ for progressive disclosure. This document focuses on high-level decision-making and workflow orchestration.

BixBench Coverage: 21 questions across 4 projects (bix-18, bix-19, bix-41, bix-54)

コロニー形態計測、細胞計数、蛍光定量化、および画像由来の測定値の統計分析のための、生産準備が整った顕微鏡画像分析および定量的画像データ スキル。 ImageJ/CellProfiler 出力 (面積、円形度、強度、細胞数) を処理し、ダネット検定、コーエン d 効果量、検出力分析、シャピロウィルク正規性検定、二元配置分散分析、多項式回帰、信頼区間付き自然スプライン回帰、および比較形態計測を実行します。 CSV/TSV 測定テーブル、マルチチャンネル蛍光データ、コロニー群形成アッセイ、およびニューロン計数データセットをサポートします。顕微鏡測定データ、コロニー面積/円形度、細胞数統計、スウォーミングアッセイ、共培養比の最適化を分析する場合、または画像由来の定量データに関する質問に答える場合に使用します。 ソース: mims-harvard/tooluniverse。