tooluniverse-image-analysis

Production-ready skill for analyzing microscopy-derived measurement data using pandas, numpy, scipy, statsmodels, and scikit-image. Designed for BixBench imaging questions covering colony morphometry, cell counting, fluorescence quantification, regression modeling, and statistical comparisons.

IMPORTANT: This skill handles complex multi-workflow analysis. Most implementation details have been moved to references/ for progressive disclosure. This document focuses on high-level decision-making and workflow orchestration.

BixBench Coverage: 21 questions across 4 projects (bix-18, bix-19, bix-41, bix-54)

Análisis de imágenes de microscopía listo para producción y habilidad de datos de imágenes cuantitativos para morfometría de colonias, recuento de células, cuantificación de fluorescencia y análisis estadístico de mediciones derivadas de imágenes. Procesa la salida de ImageJ/CellProfiler (área, circularidad, intensidad, recuentos de células), realiza la prueba de Dunnett, el tamaño del efecto d de Cohen, análisis de potencia, pruebas de normalidad de Shapiro-Wilk, ANOVA de dos vías, regresión polinómica, regresión spline natural con intervalos de confianza y morfometría comparativa. Admite tablas de medición CSV/TSV, datos de fluorescencia multicanal, ensayos de enjambre de colonias y conjuntos de datos de recuento de neuronas. Úselo al analizar datos de medición de microscopía, área/circularidad de colonias, estadísticas de recuento de células, ensayos de enjambre, optimización de la proporción de cocultivo o para responder preguntas sobre datos cuantitativos derivados de imágenes. Fuente: mims-harvard/tooluniverse.