scvi-tools

scvi-tools is a comprehensive Python framework for probabilistic models in single-cell genomics. Built on PyTorch and PyTorch Lightning, it provides deep generative models using variational inference for analyzing diverse single-cell data modalities.

Single-Cell RNA-seq Analysis Core models for expression analysis, batch correction, and integration. See references/models-scrna-seq.md for:

Chromatin Accessibility (ATAC-seq) Models for analyzing single-cell chromatin data. See references/models-atac-seq.md for:

Questa competenza dovrebbe essere utilizzata quando si lavora con l'analisi dei dati omici a cellula singola utilizzando strumenti scvi, inclusi scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq, trascrittomica spaziale e altre modalità a cellula singola. Utilizzare questa competenza per la modellazione probabilistica, la correzione batch, la riduzione della dimensionalità, l'espressione differenziale, l'annotazione del tipo di cella, l'integrazione multimodale e le attività di analisi spaziale. Fonte: ovachiever/droid-tings.