scvi-tools

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scvi-tools is a comprehensive Python framework for probabilistic models in single-cell genomics. Built on PyTorch and PyTorch Lightning, it provides deep generative models using variational inference for analyzing diverse single-cell data modalities.

Single-Cell RNA-seq Analysis Core models for expression analysis, batch correction, and integration. See references/models-scrna-seq.md for:

Chromatin Accessibility (ATAC-seq) Models for analyzing single-cell chromatin data. See references/models-atac-seq.md for:

Esta habilidad debe usarse cuando se trabaja con análisis de datos ómicos unicelulares utilizando herramientas scvi, incluidas scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq, transcriptómica espacial y otras modalidades unicelulares. Utilice esta habilidad para tareas de modelado probabilístico, corrección por lotes, reducción de dimensionalidad, expresión diferencial, anotación de tipo celular, integración multimodal y análisis espacial. Fuente: ovachiever/droid-tings.

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