scvi-tools

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scvi-tools is a comprehensive Python framework for probabilistic models in single-cell genomics. Built on PyTorch and PyTorch Lightning, it provides deep generative models using variational inference for analyzing diverse single-cell data modalities.

Single-Cell RNA-seq Analysis Core models for expression analysis, batch correction, and integration. See references/models-scrna-seq.md for:

Chromatin Accessibility (ATAC-seq) Models for analyzing single-cell chromatin data. See references/models-atac-seq.md for:

이 기술은 scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq, 공간 전사체학 및 기타 단일 세포 양식을 포함한 scvi 도구를 사용하여 단일 세포 오믹스 데이터 분석 작업을 할 때 사용해야 합니다. 확률적 모델링, 일괄 수정, 차원 축소, 미분 표현, 세포 유형 주석, 다중 모드 통합 및 공간 분석 작업에 이 기술을 사용하십시오. 출처: ovachiever/droid-tings.

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