scvi-tools

scvi-tools is a comprehensive Python framework for probabilistic models in single-cell genomics. Built on PyTorch and PyTorch Lightning, it provides deep generative models using variational inference for analyzing diverse single-cell data modalities.

Single-Cell RNA-seq Analysis Core models for expression analysis, batch correction, and integration. See references/models-scrna-seq.md for:

Chromatin Accessibility (ATAC-seq) Models for analyzing single-cell chromatin data. See references/models-atac-seq.md for:

Этот навык следует использовать при работе с анализом данных омики отдельных клеток с использованием инструментов scvi, включая scRNA-seq, scATAC-seq, CITE-seq, пространственную транскриптомику и другие методы одноклеточных исследований. Используйте этот навык для вероятностного моделирования, пакетной коррекции, уменьшения размерности, дифференциального выражения, аннотации типов ячеек, мультимодальной интеграции и задач пространственного анализа. Источник: jackspace/claudeskillz.