Biopython is a comprehensive set of freely available Python tools for biological computation. It provides functionality for sequence manipulation, file I/O, database access, structural bioinformatics, phylogenetics, and many other bioinformatics tasks. The current version is Biopython 1.85 (released January 2025), which supports Python 3 and requires NumPy.
Biopython is organized into modular sub-packages, each addressing specific bioinformatics domains:
For NCBI database access, always set your email address (required by NCBI):
Основной набор инструментов Python для молекулярной биологии. Предпочтительно для запросов PubMed/NCBI на основе Python (Bio.Entrez), манипуляций с последовательностями, анализа файлов (FASTA, GenBank, FASTQ, PDB), расширенных рабочих процессов BLAST, структур и филогенетики. Для быстрого BLAST используйте gget. Для прямого REST API используйте pubmed-database. Источник: jackspace/claudeskillz.