lamindb

SKILL.md

LaminDB is an open-source data framework for biology designed to make data queryable, traceable, reproducible, and FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). It provides a unified platform that combines lakehouse architecture, lineage tracking, feature stores, biological ontologies, LIMS (Laboratory Information Management System), and ELN (Electronic Lab Notebook) capabilities through a single Python API.

LaminDB provides six interconnected capability areas, each documented in detail in the references folder.

Reference: references/core-concepts.md - Read this for detailed information on artifacts, records, runs, transforms, features, versioning, and lineage tracking.

このスキルは、データをクエリ可能、追跡可能、再現可能かつ公平なものにする生物学用のオープンソース データ フレームワークである LaminDB を使用するときに使用する必要があります。生物学的データセット (scRNA-seq、空間、フローサイトメトリーなど) の管理、計算ワークフローの追跡、生物学的オントロジーによるデータのキュレーションと検証、データ レイクハウスの構築、または生物学研究におけるデータ系統と再現性の確保を行う場合に使用します。データ管理、アノテーション、オントロジー (遺伝子、細胞型、疾患、組織)、スキーマ検証、ワークフロー マネージャー (Nextflow、Snakemake) および MLOps プラットフォーム (W&B、MLflow) との統合、展開戦略をカバーします。 ソース: ovachiever/droid-tings。

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