instrument-data-to-allotrope

Convert instrument files into standardized Allotrope Simple Model (ASM) format for LIMS upload, data lakes, or handoff to data engineering teams.

Note: This is an Example Skill This skill demonstrates how skills can support your data engineering tasks—automating schema transformations, parsing instrument outputs, and generating production-ready code.

To customize for your organization: Modify the references/ files to include your company's specific schemas or ontology mappings Use an MCP server to connect to systems that define your schemas (e.g., your LIMS, data catalog, or schema registry) Extend the scripts/ to handle proprietary instrument formats or internal data standards

Converti file di output degli strumenti di laboratorio (PDF, CSV, Excel, TXT) nel formato JSON Allotrope Simple Model (ASM) o CSV 2D appiattito. Utilizza questa competenza quando gli scienziati devono standardizzare i dati strumentali per sistemi LIMS, data lake o analisi downstream. Supporta il rilevamento automatico dei tipi di strumenti. Gli output includono JSON ASM completo, CSV appiattito per una facile importazione e codice Python esportabile per gli ingegneri dei dati. I trigger comuni includono la conversione di file di strumenti, la standardizzazione dei dati di laboratorio, la preparazione dei dati per il caricamento sui sistemi LIMS/ELN o la generazione di codice parser per le pipeline di produzione. Fonte: anthropics/knowledge-work-plugins.