instrument-data-to-allotrope

Convert instrument files into standardized Allotrope Simple Model (ASM) format for LIMS upload, data lakes, or handoff to data engineering teams.

Note: This is an Example Skill This skill demonstrates how skills can support your data engineering tasks—automating schema transformations, parsing instrument outputs, and generating production-ready code.

To customize for your organization: Modify the references/ files to include your company's specific schemas or ontology mappings Use an MCP server to connect to systems that define your schemas (e.g., your LIMS, data catalog, or schema registry) Extend the scripts/ to handle proprietary instrument formats or internal data standards

Konvertieren Sie Ausgabedateien von Laborgeräten (PDF, CSV, Excel, TXT) in das Allotrope Simple Model (ASM) JSON-Format oder eine abgeflachte 2D-CSV-Datei. Nutzen Sie diese Fähigkeit, wenn Wissenschaftler Instrumentendaten für LIMS-Systeme, Data Lakes oder nachgelagerte Analysen standardisieren müssen. Unterstützt die automatische Erkennung von Instrumententypen. Zu den Ausgaben gehören vollständiges ASM-JSON, vereinfachtes CSV für den einfachen Import und exportierbarer Python-Code für Dateningenieure. Zu den häufigsten Auslösern gehören das Konvertieren von Gerätedateien, das Standardisieren von Labordaten, das Vorbereiten von Daten für den Upload in LIMS/ELN-Systeme oder das Generieren von Parsercode für Produktionspipelines. Quelle: anthropics/knowledge-work-plugins.