geniml

SKILL.md

Geniml is a Python package for building machine learning models on genomic interval data from BED files. It provides unsupervised methods for learning embeddings of genomic regions, single cells, and metadata labels, enabling similarity searches, clustering, and downstream ML tasks.

Geniml provides five primary capabilities, each detailed in dedicated reference files:

Train unsupervised embeddings of genomic regions using word2vec-style learning.

Cette compétence doit être utilisée lorsque vous travaillez avec des données d'intervalle génomique (fichiers BED) pour des tâches d'apprentissage automatique. À utiliser pour l'intégration de régions d'entraînement (Region2Vec, BEDspace), l'analyse ATAC-seq unicellulaire (scEmbed), la création de pics de consensus (univers) ou toute analyse basée sur le ML de régions génomiques. S'applique aux collections de fichiers BED, aux données scATAC-seq, aux ensembles de données d'accessibilité de la chromatine et à l'apprentissage des caractéristiques génomiques par région. Source : jackspace/claudeskillz.

Voir l'original