geniml

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Geniml is a Python package for building machine learning models on genomic interval data from BED files. It provides unsupervised methods for learning embeddings of genomic regions, single cells, and metadata labels, enabling similarity searches, clustering, and downstream ML tasks.

Geniml provides five primary capabilities, each detailed in dedicated reference files:

Train unsupervised embeddings of genomic regions using word2vec-style learning.

Diese Fähigkeit sollte bei der Arbeit mit Genomintervalldaten (BED-Dateien) für maschinelle Lernaufgaben verwendet werden. Verwendung zum Trainieren von Regionseinbettungen (Region2Vec, BEDspace), zur Einzelzell-ATAC-seq-Analyse (scEmbed), zum Erstellen von Konsenspeaks (Universen) oder für jede ML-basierte Analyse genomischer Regionen. Gilt für BED-Dateisammlungen, scATAC-seq-Daten, Chromatin-Zugänglichkeitsdatensätze und regionalbasiertes Lernen genomischer Merkmale. Quelle: jackspace/claudeskillz.

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