geniml

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Geniml is a Python package for building machine learning models on genomic interval data from BED files. It provides unsupervised methods for learning embeddings of genomic regions, single cells, and metadata labels, enabling similarity searches, clustering, and downstream ML tasks.

Geniml provides five primary capabilities, each detailed in dedicated reference files:

Train unsupervised embeddings of genomic regions using word2vec-style learning.

Esta habilidad debe utilizarse cuando se trabaja con datos de intervalos genómicos (archivos BED) para tareas de aprendizaje automático. Úselo para entrenar incrustaciones de regiones (Region2Vec, BEDspace), análisis ATAC-seq unicelular (scEmbed), creación de picos de consenso (universos) o cualquier análisis de regiones genómicas basado en ML. Se aplica a colecciones de archivos BED, datos scATAC-seq, conjuntos de datos de accesibilidad de cromatina y aprendizaje de características genómicas basado en regiones. Fuente: ovachiever/droid-tings.

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