lamindb

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LaminDB is an open-source data framework for biology designed to make data queryable, traceable, reproducible, and FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). It provides a unified platform that combines lakehouse architecture, lineage tracking, feature stores, biological ontologies, LIMS (Laboratory Information Management System), and ELN (Electronic Lab Notebook) capabilities through a single Python API.

LaminDB provides six interconnected capability areas, each documented in detail in the references folder.

Reference: references/core-concepts.md - Read this for detailed information on artifacts, records, runs, transforms, features, versioning, and lineage tracking.

Diese Fähigkeit sollte bei der Arbeit mit LaminDB verwendet werden, einem Open-Source-Datenframework für die Biologie, das Daten abfragbar, nachvollziehbar, reproduzierbar und FAIR macht. Verwendung bei der Verwaltung biologischer Datensätze (scRNA-seq, räumlich, Durchflusszytometrie usw.), der Verfolgung von Rechenabläufen, der Kuratierung und Validierung von Daten mit biologischen Ontologien, dem Aufbau von Data Lakehouses oder der Sicherstellung der Datenherkunft und Reproduzierbarkeit in der biologischen Forschung. Behandelt Datenmanagement, Annotation, Ontologien (Gene, Zelltypen, Krankheiten, Gewebe), Schemavalidierung, Integrationen mit Workflow-Managern (Nextflow, Snakemake) und MLOps-Plattformen (W&B, MLflow) sowie Bereitstellungsstrategien. Quelle: jackspace/claudeskillz.

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