gget

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gget is a command-line bioinformatics tool and Python package providing unified access to 20+ genomic databases and analysis methods. Query gene information, sequence analysis, protein structures, expression data, and disease associations through a consistent interface. All gget modules work both as command-line tools and as Python functions.

Important: The databases queried by gget are continuously updated, which sometimes changes their structure. gget modules are tested automatically on a biweekly basis and updated to match new database structures when necessary.

Install gget in a clean virtual environment to avoid conflicts:

迅速なバイオインフォマティクス クエリのための CLI/Python ツールキット。迅速な BLAST 検索に推奨されます。 20 以上のデータベースへのアクセス: 遺伝子情報 (Ensembl/UniProt)、AlphaFold、ARCHS4、Enrichr、OpenTargets、COSMIC、ゲノム ダウンロード。高度な BLAST/バッチ処理には、biopython を使用します。複数のデータベースを統合するには、bioservices を使用します。 ソース: ovachiever/droid-tings。

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