scvi-tools

This skill provides guidance for deep learning-based single-cell analysis using scvi-tools, the leading framework for probabilistic models in single-cell genomics.

| Data Type | Model | Primary Use Case |

| scRNA-seq | scVI | Unsupervised integration, DE, imputation | | scRNA-seq + labels | scANVI | Label transfer, semi-supervised integration | | CITE-seq (RNA+protein) | totalVI | Multi-modal integration, protein denoising | | scATAC-seq | PeakVI | Chromatin accessibility analysis | | Multiome (RNA+ATAC) | MultiVI | Joint modality analysis |

التعلم العميق لتحليل الخلية الواحدة باستخدام أدوات scvi. يجب استخدام هذه المهارة عندما يحتاج المستخدمون إلى (1) تكامل البيانات وتصحيح الدفعات باستخدام scVI/scANVI، (2) تحليل ATAC-seq مع PeakVI، (3) تحليل CITE-seq متعدد الوسائط مع TotalVI، (4) تحليل RNA + ATAC متعدد الأوجه مع MultiVI، (5) تفكيك النسخ المكاني مع DestVI، (6) نقل الملصقات ورسم الخرائط المرجعية باستخدام scANVI/scArches، (7) سرعة RNA مع veloVI، أو (8) أي طريقة أحادية الخلية قائمة على التعلم العميق. تتضمن المشغلات إشارات إلى scVI، وscANVI، وtotalVI، وPeakVI، وMultiVI، وDestVI، وveloVI، وsysVI، وscArches، ووحدة التشفير التلقائي المتغيرة، وVAE، وتصحيح الدُفعات، وتكامل البيانات، والوسائط المتعددة، وCITE-seq، والتعددية، ورسم الخرائط المرجعية، والمساحة الكامنة. المصدر: anthropics/life-sciences.